کاربران داروخانه آنلاین دکتر روغنی میتوانند در هنگام ثبت سفارش، از طریق درگاه اینترنتی، هزینه سفارش خود را به صورت آنلاین پرداخت کنند. پرداخت موفق هزینه به منزله ثبت قطعی این پرداخت برای سفارش است و پس از آن پیامکی مبنی بر ثبت موفق سفارش، برای کاربر ارسال می‌شود و نیازی به اطلاع دادن پرداخت سفارش نیست و سفارش به صورت خودکار وارد مراحل آماده‌سازی و ارسال می‌شود.
کاربران داروخانه آنلاین دکتر روغی میتوانند در هنگام تکمیل سفارش خود در صورتی که امکان پرداخت آنلاین را نداشته باشند گزینه پرداخت در محل را انتخاب کنند و سفارش خود را نهایی کنند .
